Sarkkilanjärven Natura 2000 -alue (54 ha) on lintudirektiivin mukainen erityinen suojelualue (SPA-alue), jolla on merkitystä erityisesti lintujen uutonaikaisena levähdysalueena. Alueella tavataan myös luonnonsuojelulain nojalla rauhoitettuja eläinlajeja, joiden lisääntymis- ja levähdyspaikkojen hävittäminen tai heikentäminen on kielletty.

Euroopan Unionin Life Luonto -rahaston osarahoittamassa Pirkanmaan arvokkaiden lintuvesien kunnostus ja hoito -hankkeessa on Sarkkilanjärvelle laadittu hoito- ja käyttösuunnitelma yhteistyössä alueen omistajien ja muiden käyttäjätahojen kanssa. Suunnitelmaan on koottu tietoa mm. alueen aiemmista ja nykyisistä luontoarvoista ja käytöstä. Suunnitelmassa esitetään alueen hoitotoimiksi vierasperäisten pienpetojen pyyntiä, järven pohjoisosan kunnostamista vesilinnuille ja kahlaajille sopivaksi pesimä- ja levähdysympäristöksi, rantaluhtien pensaikon raivausta ja rantalaidunnusta. Suunnitelmassa on myös arvioitu hoitotöiden vaikutuksia sekä linjattu jatkoseurantaa.