Alhonlahden alueen Natura 2000 -alue (58 ha) on lintudirektiivin mukainen erityinen suojelualue (SPA-alue), jolla on ollut merkitystä erityisesti kahlaajien keväisenä ruokailualueena. Alueella tavataan myös luonnonsuojelulain nojalla rauhoitettuja eläinlajeja, joiden lisääntymis- ja levähdyspaikkojen hävittäminen tai heikentäminen on kielletty.

Euroopan Unionin Life Luonto -rahaston osarahoittamassa Pirkanmaan arvokkaiden lintuvesien kunnostus ja hoito -hankkeessa on Alhonlahden alueelle laadittu hoito- ja käyttösuunnitelma yhteistyössä alueen omistajien ja muiden käyttäjätahojen kanssa. Suunnitelmaan on koottu tietoa mm. alueen aiemmista ja nykyisistä luontoarvoista ja käytöstä. Suunnitelmassa esitetään alueen hoitotoimiksi vierasperäisten pienpetojen pyyntiä, Alhonlahden kunnostamista vesilinnuille ja kahlaajille sopivaksi pesimä- ja levähdysympäristöksi, rantaluhtien pensaikon raivausta ja rantalaidunnusta. Suunnitelmassa on myös arvioitu hoitotöiden vaikutuksia sekä linjattu jatkoseurantaa.