Euroopan Unionin luontodirektiivin mukaan Natura-alueelle on tarvittaessa laadittava hoito- ja käyttösuunnitelma. Suunnitelman tarve on ilmeinen Raahen saariston kaltaisilla alueilla, joilla on merkittäviä suojeluarvoja, ja joihin kohdistuu suuret virkistyskäyttöpaineet. Raahen saariston Natura 2000 -alueen hoito- ja käyttösuunnitelmalla sovitetaan yhteen alueen suojeluarvot ja eri käyttömuodot. Suunnitelmassa esitellään Raahen saariston arvokkaita luontotyyppejä, eliölajistoa ja saariston kulttuurihistoriallisia arvoja sekä tarvittavia toimenpiteitä niiden suojeluun ja hoitoon. Suunnitelma antaa ohjeita ja suosituksia alueen jokamiehenoikeuksien mukaiselle virkistyskäytölle sekä alueen virkistyskäytön ja palveluvarustuksen kehittämiselle luonto- ja kulttuuriarvot sekä luonnonsuojelualueen rauhoitusmääräykset huomioon ottaen. Lisäksi suunnitelma sisältää suosituksia hoidon ja käytön vaikutusten seurannasta.